Am 06. Jänner 2009 fällte die zuständige Kammer ihre Entscheidung bezüglich Stojan Župljanins Antrag auf Zusammenlegung seines Verfahrens mit jenem gegen Karadžić. Während sie - entgegen der Anklagevertretung, sowie der Verteidigung von Župljanins Mitangeklagtem Mićo Stanišić - zu dem Schluss kam, dass das Einbringen eines derartigen Antrags durch einen Angeklagten mangels expliziten Ausschlusses im Regelwerk des ICTY sehr wohl als zulässig zu betrachten sei, würde der Antrag dennoch abgelehnt. Die Kammer begründet dies vor allem mit dem unterschiedlichen Zeitrahmen und Ausmaß der den Angeklagten zur Last gelegten Vorwürfe in den beiden Verfahren. Sie schließt sich dabei im Wesentlichen den durch Anklagevertretung und Stanišićs Verteidigung geäußerten Bedenken hinsichtlich der Sinnhaftigkeit und Effizienz eines gemeinsamen Prozesses an. Diese wiegen ihrer Ansicht nach die teilweise eingeräumten Vorteile - beispielsweise hinsichtlich einer Anzahl von Zeugen, welche nur einmal aussagen müssten - mehr als auf. Župljanins Vorschlag, die sich nicht mit den Vorwürfen gegen seine Person überschneidenden Anklagepunkte gegen Karadžić in einem zweiten, gesonderten Prozess zu verhandeln, wird erwartungsgemäß als "höchst ungewöhnlich" betrachtet und wegen seiner Ineffizienz verworfen.
Im Gegensatz zu den diversen Eingaben in dieser Angelegenheit stützt sich die Kammer in ihrer Entscheidung explizit nicht auf die überarbeitete Anklageschrift gegen Karadžić vom September 2008, sondern auf die derzeit geltende Anklage aus dem Jahr 2000. Ganz offensichtlich soll die noch ausständige, diesbezügliche Entscheidung der Strafkammer in keiner Weise vorweggenommen werden.
siehe: Decision on Stojan Župljanin's Motion for Joinder (06.01.2009)