Im Rahmen der Anklageschrift wird Radovan Karadžić die Beteiligung an insgesamt vier "gemeinschaftlichen kriminelle Unternehmungen" (Joint Criminal Enterprise, JCE) vorgeworfen. Dabei handelt es sich um die Verbreitung von Terror unter der Zivilbevölkerung durch die Angriffe auf Sarajevo, die Vernichtung der bosniakischen Einwohner Srebrenicas, und die Geiselnahme von UN-Personal, sowie ein weiteres, sämtliche Vorwürfe innerhalb der Anklageschrift überspannendes JCE, welches die dauerhafte Entfernung der bosniakischen und bosnisch-kroatischen Bevölkerung aus den serbischen Gebieten Bosnien und Herzegovinas zum Ziel hatte. Die Anklageschrift konkretisiert hinsichtlich jedem der vier JCEs, mit welchen Personen Karadžić innerhalb welchen Zeitraumes an Planung, Organisation und Ausführung der Verbrechen beteiligt war. Ratko Mladić wird als weitere Schlüsselfigur jeder dieser Unternehmungen zugerechnet.
Tatsächlich werden im internationalen Strafrecht drei Kategorien von JCEs unterschieden:
JCE I, innerhalb dessen alle Beteiligten eine gemeinsame Absicht teilen, auch wenn sie unterschiedliche Aufgaben oder Taten ausführen,
JCE II, in dessen Rahmen die Beteiligten unmittelbar an einer gemeinsamen Aufgabe tätig sind und
JCE III, in dessen Rahmen die an einer gemeinsamen Aufgabe arbeitenden Beteiligten auch für jene Resultate ihres Verhaltens verantwortlich sind, welche nicht notwendigerweise beabsichtigt, jedoch vorhersehbar waren.
Gerade JCE III ist auf Grund der dadurch möglichen Ausdehnung der Verantwortlichkeit einzelner Täter, über ihre Beteiligung an einem JCE, durchaus umstritten, und wird innerhalb des nationalen Rechts diverser Staaten, darunter Deutschland, die Schweiz und die Niederlande, abgelehnt. Gleichzeitig stellt die Beteiligung an einem JCE III häufig die einzige Möglichkeit dar, eine Anklage der höchstrangigen Beteiligten zu untermauern, nachdem diese zwangsläufig nur selten auf Grund der unmittelbaren Anordnung oder Ausführung von Kriegsverbrechen und Verbrechen gegen die Menschlichkeit belangt werden können.
Durch Karadžić wurde eine Anzahl von "preliminary motions" eingereicht, welche sich mit der Frage befassen, inwieweit einzelne, gemäß des Statuts des ICTY unter dessen Jurisdiktion fallende Vorwürfe auch über die Beteiligung an einem JCE III angeklagt werden können. Dabei standen insbesondere Fragen der für eine Anklage notwendigen Vorhersehbarkeit von verübten Verbrechen, sowie der Möglichkeit, die für eine Anklage wegen Völkermord oder auch Verfolgung notwendige Absicht lediglich über die Beteiligung an einem JCE nachzuweisen, im Mittelpunkt.
Darüber hinaus verwehrt sich Karadžić in seiner "preliminary motion" vom 19. März 2009 auch gegen die in seinen Augen unnötig komplizierte und durch die bisherige Praxis nicht abgedeckte Anklage auf Grund der Beteiligung an mehreren, voneinander unabhängigen, jedoch überlappenden JCEs.